علوم باغبانی ایران

علوم باغبانی ایران

بررسی چندشکلی نشانگرهای مولکولی SSR و ISSR در نژادگان‌های مختلف لیموترش بدون علائم بیماری جاروک

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان
سمانه راهب 1
محمود قاسم نژاد 2
بهروز گلعین 3
مرتضی گل محمدی 4
عاطفه صبوری 5
1 دانشجوی سابق دکتری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
2 استاد، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
3 دانشیار، پژوهشکدۀ مرکبات و میوه‌های نیمه گرمسیری، رامسر، ایران
4 استادیار، پژوهشکدۀ مرکبات و میوه‌های نیمه گرمسیری، رامسر، ایران
5 استادیار، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
10.22059/ijhs.2017.215996.1086
چکیده
لایم‌ها به دلیل کیفیت و اسیدیتۀ بالای عصارۀ میوه، به‌صورت تازه خوری و فرآوری شده استفاده می‌شود. در سال‌های اخیر، رخداد بیماری جاروک، باعث بین رفتن هزاران اصله درخت لایم در جنوب ایران ‌شده است. مهم‌ترین روش کنترل این بیماری، کاشت نژادگان (ژنوتیپ)های متحمل است. بنابراین، در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 33 نژادگان مختلف لایم بدون علائم بیماری جاروک در مزرعه یا پس از آزمایش‌های مقدماتی، به‌همراه ده رقم تجاری مرکبات به‌عنوان شاهد با 17 جفت آغازگر SSR و 11 آغازگر ISSR بررسی شد. با توجه به محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) نشانگرهای ریزماهواره TAA1 و TC26 به ترتیب به میزان 72/0 و 68/0 و همچنین در نشانگرهای ISSR، آغازگرهای ISSR1، 809 و 810 هر سه به میزان 49/0 به‌عنوان مناسب‌ترین نشانگرهای متمایزکننده شناسایی شدند. نتایج نشان داد، بین لایم‌ها و دیگر انواع مرکبات از لحاظ نشانگرهای مورد بررسی تفاوت‌هایی وجود دارد. از سوی دیگر همۀ نژادگان‌های لایم بر پایۀ هر دو نشانگر، قرابت بالایی با رقم‌های مکزیکن لایم و پرشین لایم نشان دادند و در یک خوشه قرار گرفتند. بنابراین، بیشتر نژادگان‌های لیموترش در جنوب کشور متعلق به گروه لایم‌ها هستند.
کلیدواژه‌ها
تنوع ژنتیکی
لایم
محتوای اطلاعات چندشکلی
مرکبات
موضوعات

عنوان مقاله English

Investigation of polymorphism in different acid lime (Citrus aurantifolia Swingle) genotypes with free witches broom disease by molecular markers of SSR and ISSR

نویسندگان English

Samaneh Raheb 1
Mahmood Ghasemnezhad 2
Behroz Golain 3
Morteza Golmohammadi 4
Atefeh Sabori 5
1 Former Ph. D. Student, Faculty of Agriculture, University of Guilan, Rasht, Iran
2 Professor, Faculty of Agriculture, University of Guilan, Rasht, Iran
3 Associate Professor, Citrus and Subtropical Fruits Research Center, Ramsar, Iran
4 Assistant Professor, Citrus and Subtropical Fruits Research Center, Ramsar, Iran
5 Assistant Professor, Faculty of Agriculture, University of Guilan, Rasht, Iran
چکیده English

Limes have been consumed as fresh fruits and processing products, due to high quality and acidity in fruit juice. In recent years, the incidence of Witches Broom disease resulted in destroy of thousands Limes trees in the south of Iran. The best method for controlling this disease is planting tolerant genotypes. Therefore, in this study, genetic diversity of 33 different lime genotypes which didn’t showed Witches Broom disease in the field and preliminary test, with 10 commercial citrus cultivars as a control was evaluated by 17 pair primers of SSR and 11 primers of ISSR. According to results with Simple Sequence Repeat (SSR) markers, the highest Polymorphic Information Content (PIC) were observed in TAA1 and TC26 with 0.72 and 0.68, respectively and by using ISSR markers were in ISSR1, 809 and 810 with 0.49 which was identified as a the most appropriate distinguishing markers. Results showed that there were differences between Limes and other types of citrus based on kind of studied markers. On the other hand, all of Lime genotypes had high affinity with Mexican Lime and Persian Lime and grouped in a cluster. Therefore, most of acid limes in south of Iran belonged to Limes group.

کلیدواژه‌ها English

citrus
Genetic diversity
lime
polymorphic information content
  1. Abdollahi, B., Sadigh, P., Azizi, H., Piri, Y., Nasri, SH. & Arzhangh, S. (2015). Comparative assessment of   IRAP, REMAP, ISSR and SSR markers for evaluation of genetic diversity of alfalfa. Scientific Technology, 17, 991-1010.
  2. Asadi Abkenar, A., Mardi, M., Salehi Abarghoei, M. & Shafiee, M. (2012). Lime breeding to producing the varieties of disease resistant of Witches Broom, 3rd National conference on agriculture and food sciences, 16 Dec., Fasa University. (in Farsi)
  3. Asadi Abkenar, A., Sharafi, A. A., Tarang, A. R., Seyghalani, R., Masaeli, M. & Rfia, P. ( 2013). Use of ISSR molecular markers for evaluating genetic variation in a number of northern citrus accessions, 8th symposium on biotechnology and 4th biosafety national conference, 15-17 Oct., Tehran University, pp. 853-857. (in Farsi)
  4. Bakhshipoor, H., Mehrgan, A., Golein, B. & Saadatmand, S. (2013). Evaluation of Genetic diversity of unknown and commercial citrus varieties using SSR marker. Journal of New Cellular and Molecular Biotechnology Journal, 4(16), 17-25. (in Farsi)
  5. Barrect, H. C. & Rhods, A. M. (1976). A numerical taxonomic study of affinity relationship in cultivated Citrus and its closed relatives. Systematic Botany, 1, 105-136.
  6. Bove, J. M., Danet, J. L., Bananej, K., Hassanzadeh, N., Taghizadeh, M., Salehi, M. & Garnier, M. (2000). Witches Broom Disease of Lime (WBDL) in Iran. Fourteenth IOCV Conference, Insect-Transmitted Procaryotes, 207-212.
  7. Davies, F. S. & Albrigo, L. G. (1994). Taxonomy cultivars and breeding. In: Davis, F. S., and Albrigo, L. G. (Eds) Citrus, Wallingford, CAB International. pp. 12-23.
  8. Edwards, K., Johnstone, C. & Thompson, C. A. (1991). Simple rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis. Nucleic Acids Research, 19(6), 1349.
  9. Fang, D. Q. & Roose, M. L. (1997). Identification of closely related Citrus cultivars with intersimple sequence repeat markers. Theoretical and Applied Genetics, 95, 408-417.
  10. Federici, C. T., Fang, D. Q., Scora, R. W. & Roose, M. L. (1998). Phylogenetic relationships within the genus Citrus (Rutaceae) and related genera as revealed by RFLP and RAPD analysis, Theoretical and Applied Genetics, 96, 812-822.
  11. Food and Agriculture Organization of the United Nations, FAOSTAT database. (2013). From http://faostat3.fao.org/download/Q/QC/E.
  12. Moore, G. A. (2001). Oranges and lemons: clues to the taxonomy of Citrus from molecular markers. TRENDS in Genetics, 17(9), 536-540.‏
  13. Gmitter, F. G., Grosser, J. W. & Moore, A. G. (1992).Hammerschlag, F. A. & Litz, R. E. (eds.). Citrus. In: Biotechnology of Perennial Fruit Crops. (pp. 335-369). CAB International, Wallingford, Oxon.
  14. Golein, B. & Adouli, B. (2011). Citrus (cultivation). Novin Pooya. (Pp 160). (in Farsi)
  15. Golein, B., Bigonah, M., Azadvar, M. & Golmohammadi, M. (2012). Analysis of genetic relationship between ‘Bakraee’ (Citrus sp.) and some known Citrus genotypes through SSR and PCR-RFLP markers, Scientia Horticulturae, 148, 147-153.
  16. Jahangirzadeh, SH., Hamidoghli, Y., Golein, B. & Sabouri, A. (2015). Investigation of genetic relationships and genome study of some Lime genotype by morphological and genetical markers. Ph.D. Thesis. University of Guilan, Iran.
  17. Mohammadi, S. A. (2006). Molecular analysis of genetic diversity of perspectives. In: Proceeding of 9th Iranian Crop Sciences Congress.27-29 August, Tehran. (in Farsi)
  18. Morton, J. F. (2004). Fruits of warm climates, Creative Resource Systems, pp: 2997.
  19. Nematollahi, A. K. H., Golein, B. & Vahdati, K. (2013). Analysis of the genetic diversity in citrus (Citrus spp.) species using SSR markers. Journal of Plant Physiology and Breeding, 3(2), 39-47.
  20. Nicolosi, E., Deng, Z., Gentile, A. & La Malfa, S. (2000).Citrus phylogeny and genetic origin of important species as investigated by molecular marker, Theoretical and Applied Genetics, 100, 1155-1166.
  21. Novelli, V. M., Cristofani, M., Souza, A. A., Marcos, A. & Machado, M. A. (2006). Development and characterization of polymorphic microsatellite markers for the sweet orange (Citrus sinensis L., Osbeck). Genetics and Molecular Biology, 29(1), 90-96.
  22. Ollitrault, F., Terol, J., Pina, J. A., Navarro, L., Talon, M. & Ollitrault, P. (2010). Development of SSR markers from Citrus clementina (Rutaceae) BAC end sequences and interspecific transferability in Citrus. American Journal of Botany, 97(11), e124-e129.‏
  23. Ovesna, J., Polakova, K. & Leisova, L. (2002). DNA Analyses and their Applications in Plant Breeding. Czech Journal of Genetics and Plant Breeding, 38(1), 29-40.
  24. Rohlf, F. J. (1998). NTSYS-pc, Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System Version 2.02. Exeter Publications, Setauket, NY.
  25. Roldain-Ruiz, I., Calsyn, E., Gilliand, T. J., Coll, R., Van-Eijk, M. J. T. & De-Loose, M. (2000). Estimating genetic conformity between related ryegrass (Lolium) varieties, 2 AFLP characterization. Molecular Breeding, 6, 593-602.
  26. Salehi, M., Hasanzadeh, H., Faghihi, M. & Zakerifard, A. (2012). Evaluation the effects of inter stock in citrus varieties on distribution of the causal agent of Witches Broom of Lime, (Final Report). Iran Citrus Research Institute. 20. (in Farsi)
  27. Shahsavar, A. R., Ezadpanah, K. A., Tafazoli, A. A. & Seyed Tababaie, B. A. (2004). Evaluation of genetic variability of limes and lemons in the Fars province by morphological traits and inter-simple sequence repeat (ISSR). Journal of Horticultural Science and Technology, 5 (4), 177-188. (in Farsi)
  28. Shrestha, R. L., Dhakal, D. D., Gautum, D. M., Paudyal, K. P. & Shrestha, S. (2012). Genetic Diversity Assessment of Acid Lime (Citrus aurantifolia Swingle) Landraces in Nepal, Using SSR Markers. American Journal of Plant Sciences, 3(12), 1674-168.
  29. Tripolitsiotis, C., Nikoloudakis, N., Linos, A. & Hagidimitriou, M. (2013). Molecular characterization and analysis of the Greek citrus germplasm. Notuae botanicae hortiagrobotanici, 41 (2), 463-471.
  30. Nicolosi, E., Deng, Z., Gentile, A. & La Malfa, S. (2000). Citrus phylogeny and genetic origin of important species as investigated by molecular marker. Theoretical and Applied Genetics, 100,
    1155-1166.
  31. Scora, R. W. (1975). On the history and origin of Citrus. Bulletin of the Torrey Botanical Club, 369-375.‏
  32. Zhang, D. & Mabberley, D. J. (2016). ????. Citrus Linnaeus, 2, 782- 1753.
  33. Zhang, D. & Mabberley, D. J. (2008). Citrus. In Flora of China, Edited by Z. Y. Wu, P. H. Raven, and D. Y. Hong, pp. 90–96. Science Press-Missouri Botanical Garden Press, Beijing-St. Louis, China-USA.
علوم باغبانی ایران
دوره 50، شماره 1
بهار 1398
صفحه 1-11

  • تاریخ دریافت 04 مهر 1395
  • تاریخ بازنگری 09 آذر 1395
  • تاریخ پذیرش 13 اسفند 1395