‌‌ارزیابی روابط ژنتیکی برخی از ارقام و ژنوتیپ‌های بادام (Prunus dulcis L) با استفاده از نشانگر SSR

نوع مقاله: مقاله کامل

نویسندگان

1 دانشجوی سابق دکتری پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران و استادیار گروه مهندسی فضای سبز دانشکدة کشاورزی دانشگاه ملایر‌

2 دانشیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

3 دانشیار مؤسسه اصلاح و تهیه نهال و بذر کرج

4 استاد پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

چکیده

استفاده از نشانگرهای مولکولی به‌ویژه ریزماهواره‌ها به‌دلیل دقت بالای آنها در مطالعة ژنوم درختان میوه‌ از اهمیت زیادی برخوردار است. در این پژوهش برای ارزیابی روابط ژنتیکی 68 رقم و ژنوتیپ بادام داخلی و خارجی از 22 مکان ریزماهواره استفاده شد. DNA ژنومی از بافت‌های برگی جوان استخراج و واکنش‌های PCR با استفاده از 22 مکان انتخاب‌شده (از بین100عدد مکان) ریزماهواره روی آن انجام شد. از مکان‌های بررسی‌شده در‌مجموع 167 آلل چند‌شکل که بین 4 تا 11 آلل در هر مکان SSRs و با متوسط 60/7 آلل بودند، مشاهده شد. از بین مکان‌های استفاده‌شده، مکان‌های pchgms6 و UDP97401 با داشتن تعداد آلل زیاد، آلل مؤثر بالا، قدرت تفکیک‌کنندگی، میزان اطلاعات چند‌شکلی، هتروزایگوسیتی مورد انتظار و شاخص اطلاعاتی شانون بالا، نسبت به سایر مکان‌های بررسی‌شده کارایی بهتر و مزیت بیشتری داشتند. بر‌اساس ماتریس تشابه، بیشترین تشابه (74/0) بین ژنوتیپ‌‌های ’5‌ـ 17 ‘ و ’1‌ـ 21‘و کمترین تشابه بین ژنوتیپ ’2‌ـ 7‘ با ’مشهد 3‘ و ’پرلیس ‘و همچنین ژنوتیپ’4‌ـ 8‘ با ’دیر‌رس ساوجبلاغ‘ و’ آذر‘ (14/0) مشاهده شد. برای رسم نمودار خوشه‌ای از روش UPGMA و ضرایب تشابه دایس بین ارقام و ژنوتیپ‌ها استفاده شد. بر‌اساس این روش ارقام و ژنوتیپ‌های بررسی‌شده در فاصلة تشابه 40/0 به 8 گروه اصلی تقسیم شدند که متناسب با منشاء جغرافیایی و برخی خصوصیات مورفولوژیکی آنها بود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Evaluation of genetic relationships between almond (Prunus dulcis L.) cultivars and genotypes using SSR markers

نویسندگان [English]

  • Mousa Rasouli 1
  • Mohammad-Reza Fattahi Moghaddam 2
  • Zabihollah Zamani 3
  • Ali Eimani 4
  • Ali Ebadi 4
1 University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
2 University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
3 Seed and Plant Improvement Institute, Karaj, Iran
4 University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
چکیده [English]

Using microsatellite molecular markers is important particularly due to their high accuracy in studying the genome of the fruit trees. In this study, genetic diversity and relations of 68 almond cultivars and genotypes using microsatellite marker (SSR) were studied. Genomic DNA extracted from young leaf tissues and PCR reactions were performed using 22 selected primers (among 100 primers) of microsatellites. In total 167 polymorphic alleles, between 4 to 11 alleles with an average of 7.60 alleles were obtained for each location. Pchgms 6 and UDP97401 loci had better performance and more advantages than other used loci regarding more number of alleles, high effective allele, resolution power, the amount of polymorphism information, expected heterozygosity and high “Shannon” information index. Based on the similarity matrix, maximum similarity (0.74) was observed between ‘5-17’ and ‘1-21’ genotypes and the lowest similarity (0.14) was observed between ‘2-7’ and ‘Mashhad-3’ genotypes. Cluster analysis based on Dice's similarity coefficients and UPGMA method were divided cultivars and genotypes into 8 groups at 0.44 similarity distance. According to the results of cluster analysis, cultivars and genotypes were well separated that were in accordance with their geographical origin and some morphological characteristics.

کلیدواژه‌ها [English]

  • almond
  • Genetic diversity
  • similarity matrix
  • simple sequence repeat