ارزیابی گوناگونی ژنتیکی ژنوتیپ های انار(Punica granatum) طارم زنجان با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD

نویسندگان

1 دانشگاه زنجان، هیات علمی، دکترای باغبانی

2 دانشجوی ارشد پردیس کشاورزی کرج

3 مربی دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان

4 دانشجوی سابق ارشد دانشگاه زنجان

چکیده

انار یکی از مهمترین میوه‌هایی است که ایران مرکز و کشت و کار آن در دنیا بشمار می‌رود و غنی‌ترین ذخایر ژنتیکی انار دنیا در ایران وجود دارد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 15 نمونه انار مربوط به شهرستان طارم زنجان با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD مورد بررسی قرار گرفت. DNA ژنومی از برگ‌ها استخراج، و از نظر ویژگی های کمی و کیفی در واکنش PCR، مورد ارزیابی قرار گرفتند. از تعداد 39 آغازگر تصادفی 10 نوکلئوتیدی، در مجموع 273 نوار تشکیل شد، 201 نوار چند شکل و 72 نوار تک شکل بودند. تعیین فواصل ژنوتیپ‌ها با استفاده از نرم‌افزار NTSYS انجام شد و در نهایت دندروگرام براساس ضریب تشابه SMC و الگوریتم UPGMA ترسیم گردید. بیشترین و کمترین تشابه بین ژنوتیپ‌ها به ترتیب برابر 83% و 59% بدست آمد. دندروگرام حاصل در حد تشابه 59/0 ژنوتیپ‌ها را به دو گروه جدا تقسیم کرد و در حد تشابه 63/0 ارقام به سه گروه تقسیم شدند. همچنین ضریب کوفنتیک بین ماتریس تشابه و دندروگرام حاصل در حد 76/0r= بدست آمد که نشان دهنده همبستگی مناسب دندروگرام با ماتریس تشابه است. در نمونه شیرین پوست نازک که در یک گروه جداگانه قرار گرفت امکان بهره گرفتن از هتروزیس و زمینه تولید واریته های هیبرید وجود دارد. گروه بندی بر اساس تجزیه به مولفه‌های اصلی نتایج حاصل از تجزیه کلاستر را تایید می‌کند.

عنوان مقاله [English]

An Investigation of the Genetic Diversity of Pomegranate Genotypes Prevailent in Tarume - Zanjan Using RAPD Markers

نویسندگان [English]

  • vali rabiei 1
  • mina SAADATI 2
  • roqayh AZIMKHANI 3
  • sajad JAFARI 2
  • somayh MOHAMMADI 4
1
2
3
4
چکیده [English]

Pomegranate is an importantly popular fruit crop with Iran the main center of its diversity throghout the World. The richest pomegranate genetic resources believed to exist in Iran. The present investigation was carried out to study the genetic diversity of 15 genotypes of pomegranate in Tarume Zanjan making use of RAPD markers. Genomic DNA was extracted from the plant,s leaf, and tested for the perspective quality and quantity features in PCR reaction. A set of 39 arbitrary primers was used that produced 273 reliable bands among which 201 bands were polymorphic and 72 monomorphic. RAPD data was used to compute genetic similarities as based on Simple Matching (SM) index. Data analysis was carried out through NTSYS-2.2 software. Finally a dendrogram was constructed using SMC similarity coefficient and UPGMA method. The highest and lowest similarity coefficients were found aqual to 83% and 59%, respectively. In cluster analysis, the genotypes were divided into two clusters, 'Post-nazok' being placed in one cluster, and the remaining 14 genotypes grouped together. Co-phentic correlation coefficient between similarity matrix and the Coph matrix amounted to 76%. Results of Principal Coordinate Analysis supported the cluster analysis results. RAPD profiling was found effictive in revealing the DNA polymorphism among the genotypes. RAPD data indicated a relatively low level of genetic diversity among the studied genotypes. 'Poost-nazok' genotype, individually separated from the others, can be a promising candidate in breeding genotypes, grouping as based on PCA, confirming the results of the cluster analysis.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Genetic diversity
  • Molecular marker
  • pomegranate
  • RAPD